Tras un largo periodo de tiempo sin Semana Santa en Melilla, a partir de los años 80 comienza de nuevo a resurgir entre sus habitantes la necesidad de sacar de nuevo a la calle las distintas advocaciones en manifestación de Fe.
En el año 1989, un grupo de militares sienten la necesidad de organizar dentro de la comunidad cristiana local, una cofradía, para lo cual se ponen en contacto con el Páter Castrense D. Andrés Pascual Herrera, párroco de la Parroquia Castrense, el cual aprueba la idea y se compromete a ayudar en todo lo que esté en su mano. El inicio fue muy difícil, pues se carecía de todo y lo primero que se hizo fue confeccionar una lista de hermanos cofrades, quienes con la aportación de donativos, se comenzó a comprar las telas necesarias para la confección de los primeros trajes de nazareno, siendo el tipo de tela empleado el raso negro para la túnica y el capuz y raso rojo para la capa; y confeccionadas por las mujeres cofrades hasta altas horas de la madrugada en casa de Dña. Mª Dolores Cayuela Fenollar.
Cuerpo de nazarenos de Ntro. P. Jesús Humillado.
Mientras, los hombres hacían de un viejo armario y tubos de hierro, un trono para poder procesionar los Santos Titulares que D. Francisco. Piernas realizaba en su domicilio, para evitar miradas indiscretas hasta la finalización de las imágenes. Otro grupo trabajaba en la elaboración de los Estatutos y otro ajustando los palos que soportarían los hachotes que se habían comprado para los penitentes. Una vez terminados los Estatutos, se remitieron para su aprobación al Arzobispo Castrense Monseñor D. Juan Manuel Estepa Llaurens, quien los aprobó con fecha 16 de marzo de 1990.
Las primeras imágenes de los Sagrados Titulares de la Cofradía se terminaron de modelar en febrero de 1990, así como el trono, trajes y demás enseres cofradieros necesarios para la realización de las Estaciones de Penitencia. Llegado el momento, se acuerda que para el día 30 de marzo de 1990, la bendición de las nuevas imágenes en la Basílica Menor de Cristo Rey, en el Hospital Militar, celebrándose en la Misa Solemne oficiada por el Arzobispo Castrense, desplazado a la Plaza para tal evento.
Ese mismo año se consolida la Semana Mayor de la ciudad, ya que de nuevo vuelven cinco cofradías a salir en Estación de Penitencia, con la salvedad de sustituir la recién creada Cofradía, a la desaparecida del Cristo del Perdón y de la Fe del barrio Del Real. La primera Estación de Penitencia la realizo esta joven Cofradía, el Martes Santo del año 1990 con Nuestro Padre Jesús Humillado, y el Jueves Santo con María Santísima de la Piedad, realizándose un encuentro de la Virgen con el santísimo Cristo de la Paz, en la Avenida de Juan Carlos I, en la confluencia de la calle Cervantes.
María Santísima de la Piedad.
En el año 1992 sigue incrementándose el número e nuevos cofrades y por acuerdo de la Junta de Gobierno se establece que la cuota de hermano cofrade será personal en lugar de familiar, siendo esta de 900 ptas., se abonarían con carácter trimestral. Se encargó a la bordadora local Dña. María Teresa López la elaboración de escudos para las capas, cintos y estandartes; paralelamente Dña. Caridad Aznar y Dña. Pepita Aznar comenzaron gratuitamente a bordar el manto de la Virgen. En este año comenzó la confección de trajes de nazareno con la capa, cinto y manguitos azules con el fin de
uniformar al tercio de penitentes que acompañaban a la Virgen.
También se continuó con el incremento de nuevo patrimonio, adquiriéndose en los talleres del orfebre Cristóbal Martos de la capital malagueña de un bastón de mando para el Hermano Mayor y nuevas varas para los estandartes, así como unas Potencias para Nuestro Padre Jesús Humillado. En las Estaciones de Penitencia, la cofradía destaca desde un primer momento por la uniformidad y seriedad rigurosa que imprime a las procesiones, tomando en sus filas de nazarenos y portadores de trono el estilo llamado cartagenero, destacándose esta particularidad en todos los medios de comunicación locales.
En el año 1993, la Junta de Gobierno de la Cofradía acordó cambiar al Viernes Santo la realización de la Estación de Penitencia de María Santísima de la Piedad, abriendo los desfiles procesionales de ese día, de esta manera se evitaría la larga parada que se producía tras realizar el encuentro con el Santísimo Cristo de la Paz, para pasar en último lugar por la Carrera Oficial. En este año la Virgen de la Piedad estrena los apliques que se han bordado en el manto.
Virgen de Vélez.
Nuestro Padre Jesús Orando en el Huerto
En la Semana Santa de 1994, y como complemento al Paso de Misterio de Nuestro Padre Jesús Humillado el Martes Santo, efectúa su primera salida procesional de la Virgen de Vélez, que había sido restaurada en los talleres de la Cofradía por D. Julio Alonso, procesionandose en un trono cedido por la Cofradía de Nuestro Padre Jesús Cautivo de Medinaceli, fue todo un acontecimiento la Estación de Penitencia, pues no paró de llover hasta momentos antes de la salida.